iTunesでリッピングした音楽のほとんどはすぐに聴くことができますが、一部のトラックには不要な音や無音が含まれている場合があり、削除したい場合があります。例えば、ライブ録音された曲の後の拍手、ライブトラックのイントロ、ライブ録音における曲間の掛け合い、曲の前後の無音などが挙げられます。CDでは、リストに表示されているトラックと「隠し」トラックの間に無音部分が挟まっていることがよくあります。これらのトラックは、スペースを埋めるために追加された長い無音部分の後に続くため（アルバムが終わったと思わせるため）、隠されているだけです。もし気に入った曲であれば、待ったり早送りしたりせずにすぐに聴きたいと思うでしょう。
拍手、イントロ、無音部分を削除する方法は2つあります。1つ目はiTunesを使う方法で、隠しトラック（中間に無音部分がある）があるトラックを除いて、どのトラックにも簡単に適用できます。まず、カットしたい曲を見つけます。カットしたい部分が曲の冒頭にある場合は、曲の聴きどころとなる部分（音楽）まで再生し、その開始時間をメモします。拍手などの余分な部分が曲の最後にある場合は、音楽の終了時間を調べ、その時間をメモします。
次に、トラックを選択し、Command + I キーを押します。すると、そのトラックの iTunes 情報ウィンドウが表示されます。「オプション」タブをクリックすると、「開始時間」と「終了時間」という2つのフィールドが表示されます。開始時間を変更したい場合は、そのフィールドにメモした時間を入力します。トラックの終了時間を変更したい場合は、「終了時間」フィールドに値を入力します。「OK」をクリックします。次回曲を再生すると、iTunes と iPod（次回の同期後）の両方で、これらの新しい値が反映されます。
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ただし、これには一つ欠点があります。トラックを別のコンピュータにコピーしたり、別の種類の音楽プレーヤーで再生したりすると、これらの開始時間と終了時間は認識されません。これらの時間はiTunesライブラリにのみ記録され、トラック自体は変更されません（これは良いことです）。しかし、トラックを編集して無音部分や拍手部分を完全に削除したい場合もあるでしょう。そうすれば、別のデバイスにコピーしたり、他のソフトウェアで再生したりしても、それらの部分は消えてしまいます。そのためには、編集ソフトウェアを使ってファイル自体をトリミングする必要があります。
使えるプログラムの一つが、Rogue Amoebaの32ドルのFissionです。これは、AACやMP3などの圧縮ファイルを含む、さまざまなファイル形式に対応している非破壊編集プログラムです。下のスクリーンショットは、Fissionで開いた曲です。最初の1分45秒ほどは、グレイトフル・デッドがチューニングとトークをしている部分です。この部分をカットすれば、曲をすぐに聴くことができます。スクリーンショットでは、その部分が選択されています。Fissionでは、トラック内を移動して任意の位置から音楽を再生し、曲の開始位置や終了位置を正確に特定できます。その前後の部分を選択して削除し、ファイルを保存します。これで、イントロダクション、拍手、無音部分が削除されたファイルが完成しますが、この変更は永久に残るので注意してください。カットした部分を復元したい場合は、ファイルのバックアップコピーを取っておくか、CDから再度リッピングする必要があります。
隠しトラックのある曲の場合は、手順が少し異なります。隠しトラックはアルバムの最後のトラックに数分間の無音部分の後に追加されるため、iTunesの開始時間と終了時間の設定を変更することはできません。このようなトラックをFissionで開くと、最初の曲、その次に無音部分、そして「隠し」曲がはっきりと表示されます。無音部分を選択し、「削除して分割」をクリックします。Fissionは無音部分を削除し、トラックを2つの新しいトラックに分割します。保存すると、2つのトラックが入ったフォルダが作成されます。その後、iTunesで、どちらが元の名前付きトラックでどちらが隠しトラックであるかを正しく識別するために、そのフォルダにタグを付ける必要があります。（どちらにも元のタグが含まれるため、どちらかを変更する必要があります。）
